La "Unidad de Biodiversidad y Uso Sostenible" es la encargada de promover la conservación de los ecosistemas haciendo uso de mecanismos institucionales-gubernamentales e intergubernamentales para el fortalecimiento de la gobernanza del patrimonio natural, así como impulsado mecanismos alternativos que incorporen la aplicación del enfoque de paisajes para el mejoramiento de la calidad de vida de las personas locales.
Esta unidad concentra importantes esfuerzos en la gestión sustentable de las áreas protegidas de la región mesoamericana, tomando en cuenta estrategias financieras para la conservación, manejo y restauración productiva del paisaje y uso sostenible de la biodiversidad.
